Он родился в семье екатеринбургского мастера Н. Е. Подоксенова, обучался в горной школе и на инструментальной фабрике. Службу начала в 1775 г. «инструментальным учеником». С 1782 г. служил копиистом, а 1788 – 1801 гг. надзирателем припасов Екатеринбургского завода. В марте 1801 г. в чине коллежского регистратора Подоксенов был назначен на должность управителя Екатеринбургской заводской конторы, где прослужил до 1807 г., а затем – с 1807 по 1833 гг. – руководил Нижне-Исетским заводом.
Подоксенов прославился целым рядом изобретений, крайне важных для развития уральской промышленности. В 1804 г. для Екатеринбургского завода им была создана машина для плющения листового железа. В 1811 г. Подоксенов разработал первую на Урале вододействующую машину, обтачивающую цапфы у отливок чугунных орудий. Им же в 1814 г. была введена ковка ядер с помощью колотушечных молотов и специальное устройство, использовавшееся для этого. Тогда же – «из железа цементовка стали».
Подоксенов проводил опыты по использованию чугунных обточек, ранее шедших на заводах в брак и не применявшихся во время производства. В 1820 г. им была открыта «железа смесь с чугуном», делавшая ковку железа на кричной фабрике более легкой. В 1822 г. Подоксенов открыл на Урале месторождения золотосодержащего песка.
За свои изобретения Подоксенов был награжден 2000 рублями и впоследствии стал членом Екатеринбургского горного ученого общества.
